Новые регионы в ДНК двух видов открыли учёным дополнительные данные, значение которых генетики ранее недооценивали.
Группа Джона Макдоналда (John McDonald) из технологического института Джорджии провела новое сопоставление геномов шимпанзе и человека, открыв в них ранее неизвестные различия.
Хотя по кодирующим белки генам идентичность двух наследственных кодов, как ныне считается, составляет 98,5%, в «скрижалях жизни» Pan troglodytes и Homo sapiens есть интересные особенности, влияющие на фенотипические, физиологические и поведенческие различия.
Авторы работы изучили участки вокруг генов и нашли там большие изменения (в тысячи пар оснований), по всей видимости, влияющие на регуляцию работы аппарата наследственности.
Учёные открыли, что эти «пробелы» были модифицированы эволюцией путём вставки-удаления (indel) ретротранспозонов.
Эти вирусоподобные последовательности составляют примерно половину генома и у человека, и у шимпанзе.
Генетики взяли две карты – на одну нанесли выявленные у человека участки с перемещёнными (по отношению к обезьяне) ретротранспозонами, на второй отразили гены, для которых ранее было определено отличие в уровне экспрессии.
Оказалось, что между картами наблюдается значительная корреляция: участки indel были расположены непосредственно рядом или где-то поблизости от генов, работающих у двух видов по-разному.
Добавим, что поиск отличий и совпадений в геноме человека и шимпанзе идёт не одно десятилетие, да и объяснение главной загадки – «почему же при очень высоком сходстве кода мы на практике столь различны?» – биологи ищут давно.
На этом пути у исследователей было несколько остановок:
Первые данные об удивительной идентичности генома двух видов появились ещё в 1975-м, хотя о полной расшифровке кода тогда и речи не шло. Но в 2003 году по функциональным генам было определено сходство геномов более чем на 99%.
При более глубоком анализе двух геномов в 2005 году учёные оставили сходство почти на том же уровне. Заодно были открыты участки кода, изменившиеся за последние миллионы лет сильнее всего и, видимо, определившие важные отличия человека от шимпанзе, а ещё шимпанзе и человека на пару от остальных приматов.
В 2006 году среди таких участков в наследственном коде человека был выявлен необычайно быстро менявшийся ген, показавший много отличий от своего аналога у шимпанзе.
Но и такая находка не могла полностью объяснить скачок в эволюции, потому в том же году после дополнительного анализа кода появилось подозрение, что важные обновления кроются в «мусорных» участках генома.
Эта идея была расширена: за отличия отвечают не столько кодирующие белки гены, сколько вариации в последовательности их активации. Данная мысль была блестяще подтверждена в 2007 году при помощи анализа регионов-промоутеров – в них была найдена масса отличий.
В 2008 году биологи обнаружили, что на работу генетического аппарата человека и шимпанзе большое влияние оказывает различие не только в перечне имеющихся генов, но и в числе копий генов.
